Seurakunnan taustalla on pitkä historia ulottuen vuoteen 1573. Sitä ennen alueemme kuului Mikkelin Savilahden katoliseen kirkkopitäjään. Myöhemmin Pieksämäen laajasta kirkkopitäjästä on erotettu Kangasniemi, Haukivuori, Virtasalmi, Jäppilä ja Suonenjoki. Jakautuminen Pieksämäen maa- ja kauppalaseurakunnaksi tapahtui vuonna 1956. Kauppala muuttui kaupungiksi 1962 ja sen myötä kauppalaseurakunta kaupunkiseurakunnaksi.
Entinen Pieksämäen maalaiskunta, Jäppilä ja Virtasalmi yhdistyivät yhdeksi kunnaksi vuoden 2004 alussa. Tällöin Jäppilän ja Virtasalmen seurakunnat liittyivät Pieksämäen maaseurakuntaan.




Pieksämäen seurakunnan ja sitä edeltäneiden seurakuntien keräämät tiedot sekä kirkonkirjat ovat Pieksämäen seurakunnan hallussa kirkkoherranvirastossa.

